在全球范围内发现了新的SARS-CoV-2变体pi罗拉(BA.2.86)，由于其高突变率而引起关注。来自La Jolla免疫学研究所的研究人员正在使用免疫表位数据库来预测T细胞对Pirola的反应，发现现有的疫苗和以前接触过的Omicron变体可能仍然提供显著的保护。虽然结果很有希望，但它们仍然具有预测性，需要进一步的实验验证。来源:SciTechDaily.com
LJI的科学家利用生物信息学来预测T细胞如何适应对抗高度突变的Pirola变体。
今年8月，研究人员在以色列和丹麦的患者中发现了一种新的SARS-CoV-2“令人担忧的变体”。从那时起，这种被称为BA.2.86或“皮罗拉”的变体就在全球范围内流行开来。皮罗拉变异引起了人们的警惕，因为它高度变异。事实上，与最初接种疫苗中包含的早期SARS-CoV-2变体相比，Pirola与Omicron变体一样发生了突变。
随着皮罗拉病毒的传播，拉霍亚免疫学研究所(LJI)的研究人员正在调查COVID-19疫苗(或以前接触过SARS-CoV-2)是否仍然可以保护人们免受严重疾病的侵害。
LJI教授亚历山德罗·塞特博士说:“人们担心，具有如此多突变的病毒会‘逃避’T细胞免疫。”
现在，《细胞宿主与微生物》杂志上的一项新研究表明，T细胞可以直接透过皮罗拉的突变找到它们的目标。LJI研究助理教授Alba Grifoni博士说:“我们的分析表明这是一个积极的消息，似乎以前接触过ommicron -或接种了较新的二价疫苗-可能会使人的T细胞能够'赶上'并产生对抗皮罗拉病毒的特异性反应。”
LJI Alessandro Sette教授，生物科学博士。资料来源:拉霍亚免疫学研究所
利用生物信息学
在这项新研究中，Sette和Grifoni求助于一种叫做免疫表位数据库(IEDB)的资源。这个数据库包含了由世界各地的免疫学家收集的有价值的发现——描述了免疫细胞如何识别微生物上的片段或“表位”。
由于IEDB中的丰富数据，研究人员已经详细了解了COVID-19疫苗或以前的SARS-CoV-2暴露如何“训练”T细胞以靶向SARS-CoV-2表位。研究人员提取了这些IEDB数据，并开发了一个生物信息学管道来预测这些T细胞对pi罗拉变异的反应。
Grifoni说:“我们基于先前SARS-CoV-2变体的实验和预测数据，模拟了T细胞对Pirola的反应。”
研究人员发现，大多数T细胞仍然可以靶向pi罗拉上的表位:
总的来说，72%的片段被CD4+“辅助”T细胞识别
nses和89%的CD8+“杀手”T细胞表位在变异之间是不变的或“保守的”。研究人员发现更少的co
在Pirola的“Spike”蛋白上保留了T细胞表位，正如预期的那样，它包含了大多数突变。o
只有56%的CD4+“辅助”T细胞表位和CD8+“杀伤”T细胞表位是正常的
在这个主要结构蛋白上保守的。这是一个潜在的问题，因为目前的COVID-19疫苗被设计成
只教免疫细胞识别和靶向刺突表位。然而，当研究人员仔细观察Spike片段时，他们发现96%的CD4+“辅助”T细胞表位和62%的CD8+“杀伤”T细胞表位非常相似，以至于T细胞可能仍然可以识别它们。
简而言之，如果皮罗拉想要逃避T细胞，它做得不是很好。
LJI研究助理Alba Grifoni博士:La Jolla免疫学研究所
赛特说:“免疫系统识别的许多抗原表位在新的皮罗拉变异中仍然是保守的。”“我们强烈预测，这种病毒仍将被T细胞识别。”
格里福尼补充说:“T细胞也可能在皮罗拉新突变的肽后‘奔跑’，对这些表位产生新的反应，就像我们在其他变异中看到的那样。”“我们认为这可能是为什么尽管病毒进化，我们还没有在皮罗拉感染病例或其他最近的变种中看到更严重的疾病的原因。”
下一个步骤
Grifoni强调，这些发现是预测，而不是基于实际的皮罗拉感染的观察结果。尽管如此，她认为重要的是看看这些“在计算机中”的预测如何反映在最近的现实世界研究中。Grifoni说:“我们仍然需要实验验证，但我们已经在世界范围内建立了几个合作项目，正在研究这个问题。”
塞特补充说，许多人仍然容易感染SARS-COV-2，即使是皮罗拉变种。“这就是为什么人们仍然应该接种疫苗，特别是使用最新的疫苗。”
研究人员目前正在收集实验数据，以了解更多关于T细胞对变异的反应，并进一步加强他们的预测工具。Grifoni特别想弄清楚，接种过二价疫苗增强剂和/或“突破性”感染的人是如何对未来的变种产生T细胞反应的。
参考文献:Alessandro Sette, John Sidney和Alba Grifoni, 2023年12月8日《细胞宿主与微生物》，“预存的sars -2特异性T细胞被预测交叉识别BA.2.86”。DOI: 10.1016 / j.chom.2023.11.010
这项研究的作者约翰·西德尼(John Sidney)说:“预计预先存在的SARS-2特异性T细胞会交叉识别BA.2.86。”这项研究得到了联合国的支持美国国立卫生研究院美国国家过敏症和传染病研究所合同编号:75N93021C00016合同编号:75N93019C00001)
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